故事发生在近未来的世界，一股未知的异能量的突然爆发导致生物异变成具有毁灭性的异种怪物，炎刚、孟泽、辰天等普通人，在危机中意外觉醒，分别变身成为拥有特殊能力的赤焰、蓝渊、苍穹三位乾元超人。他们为了保护家园和亲人，与异种怪物展开了激烈的战斗。他们加入了专门对抗异种怪物的X组织，在一次又一次的任务中不断成长和增进实力。在X组织的训练下，他们的能力得到了进一步的提升，逐渐成为独当一面的英雄。但Y组织的三位黑暗超人突然出现，形势变得扑朔迷离，指挥官陈默也突然背叛X组织，将炎刚、孟泽、辰天的共鸣能力封印。面对这一突如其来的变故，李威、张岚、赵灵陷入了前所未有的困境，他们不仅要面对失去力量的现实，还要应对来自Y组织的威胁。
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